現在、一般のCD-ROMにおけるファイルシステムにはHFS、ISO9660、RockRidge、Jolietなどがあり、各種コンピュータのハードウェアやOSの種類によって、扱えるファイルシステムが異なります。
Dreamcastでは「ISO9660 レベル2」という規格に準拠しています。具体的には次の表のようになります。
ISO9660 レベル2では、ファイル名と拡張子区切るピリオド「.」を含めて31文字以内となっています。したがって、Windows 95やWindows NTで使用可能なGD-ROMに追加しようとすると、そのファイル名は GD Workshopによって自動修正されます。
たとえば、Windows 95の長いファイル名のファイルを3つ、ファイル名システムとしてISO9660 レベル1を指定したCDに加えようとした場合、ファイル名は下のように修正されます。
File Name a.txt → FILENA_1.TXT File Name b.txt → FILENA_2.TXT File Name c.txt → FILENA_3.TXT
および
Directory a.txt → DIRECT_0 Directory b.txt → DIRECT_1 Directory c.txt → DIRECT_2
修正されたファイル名がプロジェクトツリーに表示され、プロジェクトツリーで選択したファイルについては、修正前と修正後のファイル名が[File Name]タブに表示されます。